Andalusien har en unik flora på grund af landskabets varierede geografiske forhold. I dette landskab trives vilde dyr og fugle, hvilket gør Andalusien til et af de mere spændende områder i Europa at bo i for naturelskere.

Der er to store nationalparker i Andalusien:

Doñana Nationalpark, der breder sig ud i Huelva og til en vis grad Sevilla-provinsenDet er primært klitterne inde i landet og de unikke, bevægelige klitter mod kysten, samt det våde marsklandskab, der er karakteristiske. Forskellige typer trækfugle flokkes til marsklandskabet. Donana er berømt for sit brede udvalg af usædvanlige dyr og fugle. Mange af dem er desværre truede, såsom munkesælen, kejserørnen, den lyserøde flamingo, pardellosen (los) osv. Dyrelivet her er også præget af vildsvin, bjerggeder, hjorte, muflon, storke osv. Den verdensberømte andalusiske hest, som er en blanding af spanske og arabiske heste, stammer også fra regionen.
Den anden nationalpark er bjerget Sierra Nevada smuk nationalpark.

I det høje bjergområde skiller de to snedækkede tinder sig ud Mulhacen (3.482 m) og Veleta (3.392 m). Disse bjergtoppe, som danner centrum for nationalparken, er de højeste punkter på hele Den Iberiske Halvø. En fjerdedel af alle planter i Spanien kan findes i Sierra Nevada, og de fleste er helt unikke for området. Sierra Nevada vrimler med spændende rovfugle som gåsegribben, kongeørnen og vandrefalken. Derudover findes fugle som grøn spætte, finker, blåmejser og troldlærker. I skovområderne findes blandt andet ræve, væsler og grævlinger.
Der ser ud til at være meget at se og lave i det vidunderlige Andalusien-regionen som ellers mest besøges for deres rige kultur, lækre mad og brede udvalg af underholdning. Ud over disse to store nationalparker er der også adskillige andre beskyttede og meget Interessante naturområder i Andalusien:
- Cabo de Gata-Níjar
- Sierra Maria-Los Velez
- Cadiz-bugten
- De la Breña y Marismas del Barbate
- Strædet
- Los Alcornocales
- Sierra de Grazalema
- Sierra de Cardeña og Montoro
- Sierra de Hornachuelos
- Sierra Subbetica
- Sierra de Baza
- Sierra de Castril
- Sierra de Huetor
- Sierra Nevada
- Sierra de Aracena og Picos de Aroche
- Doñana-området
- Despeñaperros

- Sierra Magina Jaén
- Andújar-bjergene
- Sierras de Cazorla, Segura og Las Villas
- Málaga -bjergene
- Sierra de las Nieves
- Sierras de Tejeda, Alhama og Almijara
- Sierra Norte de Sevilla




